明治27年(1894)にマリー神父が初代主任司祭となり、玉造教会の聖アグネス聖堂が建てられました。戦災によって聖堂は焼失し、戦後再建されザビエル来日400年記念の年に聖フランシスコ・ザビエル聖堂となり、その後聖マリア大聖堂となりました。
近代建築家長谷部鋭吉の遺作となる鉄骨鉄筋コンクリート建て。敷地が細川忠興の屋敷跡ということから内陣左側には堂本印象画になる「最後の日のガラシア夫人」、正面に「栄光の聖母マリア」、右側に「高山右近」の壁画。羽淵紅州の作になるステンドグラスで、イエス・キリストの生誕と洗礼、聖母マリアの生涯、日本人に布教をするフランシスコ・ザビエルなどが描き出されています。十字架や聖像はオーストリアの彫刻家ルンガルチエの作。パイプ数2400の巨大なパイプオルガンを備えた大聖堂です。なお、大聖堂前広場の両端にある高山右近と細川ガラシア夫人の石像は彫刻家阿部政義氏の作です。
