菓祖神社のご祭神は田道間守（たじまもり）と林浄因(りんじよういん)の二柱です。田道間守は垂仁天皇の命で不老不死の理想郷である常世の国に「非時香具菓(ときじくのかぐのこのみ)・橘」を求めに行きました。艱難辛苦の末、ようやく手に入れて持ち帰りますが、天皇はすでに崩御していました。嘆き悲しんだ田道間守は垂仁天皇の御陵で帰国の遅れをお詫びし、持ち帰った橘の半分を墓前に捧げ殉死しました。林浄因は室町時代な中国より来日し、奈良に住し日本で初めて餡入りの饅頭を作り売り出しました。そうしたことからこの二柱は菓子の祖神とされています。
菓祖神社は京都菓子業界の総意により昭和３２年に兵庫県の中島神社と和歌山県の橘本神社、奈良県の林神社のご祭神わ鎮め祀った社です。
