『増鏡』によると、
海づらよりは少し入りたる国分寺といふ寺を、よろしくさまにとりしひておはしまさむ所にさたむ
とあり、隠岐国分寺が行在所とされています。なお、島前の西ノ島の黒木御所も行在所といわれていて、実際、その所在は判然としないそうです。
元弘の乱で鎌倉幕府討滅を企て後醍醐天皇が後鳥羽上皇を処分した先例にしたがって隠岐に流されました。
なお、後醍醐天皇は翌年に名和長年を頼って隠岐島から脱出し、伯耆船上山（現鳥取県東伯郡琴浦町）で児島高徳はじめ中国地方の武士が馳せ参じて挙兵をします。これを追討するため幕府から派遣された足利尊氏が後醍醐天皇に味方して六波羅探題を攻略し、東国では新田義貞ば鎌倉を陥落させて北条氏を滅亡させます。帰京した後醍醐天皇はいよいよ幕府・摂関を廃して建武の新政を開始するのです。