後鳥羽上皇はことのほか「菊」を好まれ自らの御印として愛用されました。承久の変に敗れ隠岐に流された上皇は、「御番鍛冶」といって備前はじめ備中、粟田口（京都）などから一級の名工を二ヶ月毎に召されて刀剣の制作の助手にあたらせたといわれています。上皇は自ら打たれた太刀に銘を入れずに十六弁の菊紋を毛彫りされました。これを御所焼」「菊御作」とよばれています。その後、後深草・亀山・後宇多の各天皇が自らの御印として継承され、慣例のうちに「十六葉菊紋・十六八重表菊」が皇室の紋として定着しました。そうしたことから「菊の御紋」と呼ばれる皇室の紋である「十六葉菊紋」は後鳥羽上皇に始まるとされています。
公式に皇室の紋と定められたのは明治2年（1869）8月25日の太政官布告第802号により、更に明治4年（1871）の太政官布告で、皇族以外の菊花紋の使用が禁止されました。現行法では菊花紋章は商標法により保護されており、国旗に準じた扱いを受けるため類似した商標等は登録できません。また国際的にも、工業所有権の保護に関するパリ条約第6条の3に基づいて、1967年に同条約の同盟国に通知されており、これらの国では商標登録をすることができないことになっているそうです。
